ไวรัสผ่านการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมด้วยกลไกหลายประการ สิ่งเหล่านี้รวมถึงกระบวนการที่เรียกว่าแอนติเจนดริฟท์ซึ่งแต่ละเบสใน DNA หรือ RNA กลายพันธุ์เป็นเบสอื่น การกลายพันธุ์แบบจุดเหล่านี้ส่วนใหญ่เป็นแบบ "เงียบพวกมันไม่เปลี่ยนโปรตีนที่ยีนเข้ารหัสแต่อย่างอื่นสามารถมอบข้อได้เปรียบทางวิวัฒนาการ เช่น การดื้อต่อยาต้านไวรัส การเปลี่ยนแปลงของแอนติเจนเกิดขึ้นเมื่อมีการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญในจีโนมของ ไวรัส ซึ่งอาจเป็นผลมาจากการรวมกันใหม่หรือ การ จัดประเภทใหม่ เมื่อสิ่งนี้เกิดขึ้นกับไวรัสไข้หวัดใหญ่อาจส่งผลให้เกิด การแพร่ระบาดวรัส RNA มักมีอยู่ในรูปแบบquasispeciesหรือฝูงของไวรัสในสายพันธุ์เดียวกัน แต่มีลำดับนิวคลีโอไซด์ของจีโนมต่างกันเล็กน้อย quasispecies ดังกล่าวเป็นเป้าหมายสำคัญสำหรับการคัดเลือกโดยธรรมชาติ จีโนมแบบแบ่งส่วนมอบข้อได้เปรียบเชิงวิวัฒนาการ ไวรัสสายพันธุ์ต่าง ๆ ที่มีจีโนมแบ่งส่วนสามารถสับเปลี่ยนและรวมยีนและผลิตไวรัสรุ่นลูก (หรือลูกหลาน) ที่มีลักษณะเฉพาะ สิ่งนี้เรียกว่าการจัดประเภทใหม่หรือ "ไวรัลเซ็กซ์การรวมตัวกันอีกครั้งทางพันธุกรรมเป็นกระบวนการที่สายของ DNA (หรือ RNA) แตกออกและต่อเข้ากับส่วนท้ายของโมเลกุล DNA (หรือ RNA) ที่แตกต่างกัน สิ่งนี้สามารถเกิดขึ้นได้เมื่อไวรัสติดเชื้อในเซลล์พร้อมกัน และการศึกษาเกี่ยวกับวิวัฒนาการของไวรัสได้แสดงให้เห็นว่าการรวมตัวกันอีกครั้งมีอาละวาดในสปีชีส์ที่ศึกษาการรวมตัวกันใหม่เป็นเรื่องปกติของทั้งไวรัส RNA และ DNA